Lors d'envoi de mail par un script PHP (via sendmail), L'en-tête X-Authentication-Warning est ajouté au mail si c'est l'utilisateur apache qui l'envoie.
La résolution de ce problème est triviale, il faut ajouter l'utilisateur apache à la liste des utilisateurs de confiance du serveur de mail local.
echo 'apache' >> /etc/mail/trusted-users
Aucun besoin de redémarrer apache ou sendmail, la modification est prise en compte immédiatement.